Tim dengan peringkat pertama dan kedua dari masing-masing grup pada akhir fase grup akan lolos ke semi-final. Semifinal dan final akan dimainkan dalam format kandang dan tandang.
Jadwal Shopee Cup musim 2024/25 dan klub-klub yang berpartisipasi akan dihadirkan pada Pengundian Resmi (Official Draw) yang akan diadakan pada minggu pertama bulan Mei, dengan tanggal dan tempat yang akan segera diumumkan.
***