Kemudian melanjutkan pendidikan magister di Sekolah Tinggi Manajemen PPM, lulus pada tahun 2003.
Setelah kuliah, Zulkifli memutuskan untuk menjadi pegawai negeri (PNS).
Namun, ia memilih untuk meninggalkan posisi pegawai negeri dan wirausaha. Dia mulai membangun perusahaan dan itu semakin besar. Zulkifli menjabat sebagai Presiden Direktur PT Batin Eka Perkasa (1988-2004), sebuah perusahaan yang bergerak di bidang peralatan rumah tangga.
Baca Juga: 3 Manfaat Daun Pepaya Untuk Obat Herbal, Dapat Menyembuhkan Penyakit Mematikan
Zulkifli terpilih sebagai ketua umum pada MPR Maret 2015 menggantikan Hatta Rajasa.
Pada Kongres PAN ke-5 Februari 2020, Zulkifli terpilih kembali sebagai ketua umum periode 2020-2025.
Zulkifli juga menjabat sebagai wakil ketua MPR sebelum dilantik sebagai Menteri perdagangan pada 15 Juni 2022.***